জীবমাত্রই রোগে আক্রান্ত হতে পারে। অন্যান্য প্রাণির মত চিংড়ির পিএলও বিভিন্ন রোগসৃষ্টিকারী উপাদান (Causa tive Agent) এর মাধ্যমে রোগাক্রান্ত হতে পারে। রোগসৃষ্টিকারী উপাদানগুলোর মধ্যে বিভিন্ন ব্যাকটেরিয়া, ছত্রাক ও এককোষী প্রাণি উল্লেখযোগ্য। হ্যাচারিতে রোগ বলতে ডিমওয়ালা চিংড়ি, লার্ভা ও পিএল-এর রোগকেই বুঝায়। হ্যাচারি ব্যবস্থাপনা সম্পৰ্কীয় ত্রুটি ও অপরিচ্ছন্নতার জন্য বেশিরভাগ ক্ষেত্রে রোগের প্রাদুর্ভাব ঘটে। তাই হ্যাচারি পরিচালনায় সর্বদা মনে রাখতে হবে যে “রোগ নিরাময়ের চেয়ে রোগ প্রতিরোধই উত্তম। সে জন্য হ্যাচারির অভ্যন্তরে মূলত পানি, যন্ত্রপাতি, সরঞ্জামাদি এবং সরবরাহকৃত খাদ্যের গুণগতমান বজায় রাখা ও জীবাণুমুক্ত রাখা একান্ত আবশ্যক।
রোগ প্রতিরোধে গলদা চিংড়ি হ্যাচারিতে ব্যবহৃত রাসায়নিক দ্রব্যাদি ও ঔষধপত্রের নাম নিচে দেয়া হলো: