জীব বৈচিত্র্যের সংরক্ষণ ও টেকসই ব্যবহার এবং পরিবেশের উপর কোন GMOs বা LMOs এর কী ধরনের প্রতিকূল প্রভাব থাকতে পারে তার ঝুঁকি নির্বাচন বা নির্ধারণ করতে হবে। Cartagena Protocol এর অনুচ্ছেদ ১৫ অনুযায়ী ঝুঁকি নির্ধারণে নিম্নলিখিত বিষয়গুলো বিবেচনা করতে হবে।
১. বিজ্ঞানসম্মত উপায়ে এবং স্বচ্ছভাবে দক্ষ গবেষকের পরামর্শ অনুযায়ী এর সাথে সম্পর্কিত 'আন্তর্জাতিক প্রতিষ্ঠানের সাহায্য নিতে হবে।
২. জীবপ্রযুক্তি ব্যবহার করে যে সমস্ত GMOs/LMOs বা তাদের থেকে উদ্ভূত পণ্যের মধ্যে ঝুঁকি থাকার সম্ভাবনা আছে তা যদি কম ঝুঁকিপূর্ণ অন্য জীবের জেনেটিক উপাদান ব্যবহার করা সম্ভব হয় তা বিবেচনা করতে হবে।
৩. ঝুঁকি নির্ধারণ কেস বাই কেস করতে হবে। সংশ্লিষ্ট ঝুঁকি নির্ধারণে প্রয়োজনীয় তথ্য প্রকৃতি বা পরিবেশের অবস্থাভেদে ভিন্ন হতে পারে। অবস্থা অনুযায়ী ঝুঁকি নির্ধারণে সেগুলো বিবেচনা করতে হবে।