পাল বংশের পতনের পর বারো শতকের দ্বিতীয় ভাগে বাংলাদেশে সেন রাজবংশের সূচনা হয় । ধারণা করা হয় তাঁরা এদেশে বহিরাগত । তাদের আদি নিবাস ছিল দক্ষিণাত্যের কর্ণাট । কেউ কেউ মনে করেন তারা ছিলেন 'ব্রহ্মক্ষত্রিয়' । যে বংশের লোকেরা প্রথমে ব্রাহ্মণ থাকে এবং পরে পেশা পরিবর্তন করে ক্ষত্রিয় হয়, তাদেরকে বলা হয় 'ব্রহ্মক্ষত্রিয়'। বাংলার সেন বংশের প্রতিষ্ঠাতা ছিলেন সামন্ত সেন । তিনি যৌবনে কর্ণাটে বীরত্ব প্রদর্শন করে শেষ বয়সে বসতি স্থাপন করেন রাঢ় অঞ্চলে গঙ্গা নদীর তীরে । তিনি কোনো রাজ্য প্রতিষ্ঠা না করায় সেন বংশের প্রথম রাজার মর্যাদা দেওয়া হয় সামন্ত সেনের পুত্র হেমন্ত সেনকে। ধারণা করা হয় পাল রাজা রামপালের অধীনে তিনি একজন সামন্ত রাজা ছিলেন ।

হেমন্ত সেনের মৃত্যুর পর তাঁর পুত্র বিজয় সেন (১০৯৮-১১৬০ খ্রিষ্টাব্দ) সিংহাসনে আরোহণ করেন । তাঁর এই সুদীর্ঘ রাজত্বকালেই সেন বংশের শাসন শক্তিশালী ভিত্তির উপর সুপ্রতিষ্ঠিত হয়েছিল । তিনিই সম্ভবত সামন্তরাজা থেকে নিজেকে স্বাধীনরূপে প্রতিষ্ঠিত করেছিলেন। কৈবর্ত বিদ্রোহের সময় তিনি রামপালকে সাহায্য করেন । একাদশ শতকে দক্ষিণ রাঢ় শূর বংশের অধিকারে ছিল । এ বংশের রাজকন্যা বিলাসদেবীকে তিনি বিয়ে করেন । বরেন্দ্র উদ্ধারে রামপালকে সাহায্য করার বিনিময়ে বিজয় সেন স্বাধীনতার স্বীকৃতি পান । আবার দক্ষিণ রাঢ়ের শূর বংশের সঙ্গে বৈবাহিক আত্মীয়তার সূত্র ধরে রাঢ় বিজয় সেনের অধিকারে আসে । এরপর বিজয় সেন বর্ম রাজাকে পরাজিত করে পূর্ব ও দক্ষিণ বাংলা সেন অধিকারে নিয়ে আসেন । শেষ পাল রাজাদের দুর্বলতার সুযোগ নিয়ে বিজয় সেন মদনপালকে পরাজিত করে উত্তর ও উত্তর-পশ্চিম বাংলা থেকে পালদের বিতাড়িত করে নিজ প্রভুত্ব বিস্তার করেন । এরপর তিনি কামরূপ, কলিঙ্গ ও মিথিলা আক্রমণ করেন । হুগলী জেলার ত্রিবেণীতে অবস্থিত বিজয়পুর ছিল বিজয় সেনের প্রথম রাজধানী । দ্বিতীয় রাজধানী স্থাপন করা হয় বর্তমান মুন্সীগঞ্জ জেলার বিক্রমপুরে। বিজয় সেন পরম মাহেশ্বর, পরমেশ্বর, পরমভট্টারক মহারাজাধিরাজ, অরিরাজ-বৃষভ-শঙ্কর প্রভৃতি উপাধি গ্রহণ করেন। সেন বংশের অধীনেই সর্বপ্রথম সমগ্র বাংলা দীর্ঘকালব্যাপী একক রাজার অধীনে ছিল। ধর্মের দিক থেকে বিজয় সেন ছিলেন শৈব ।

বিজয় সেনের পর সিংহাসনে আরোহণ করেন তাঁর পুত্র বল্লাল সেন ( ১১৬০-১১৭৮ খ্রিষ্টাব্দ)। তাঁর রাজত্বকালে তিনি শুধু পিতৃরাজ্য রক্ষাই করেননি, মগধ ও মিথিলাও সেন রাজ্যভুক্ত করে সেন শাসন শক্তিশালী ভিত্তির ওপর প্রতিষ্ঠিত করেন। চালুক্য রাজকন্যা রমা দেবীকে তিনি বিয়ে করেন। অন্যান্য উপাধির সাথে বল্লাল সেন নিজের নামের সাথে ‘অরিরাজ নিঃশঙ্ক শঙ্কর' উপাধি গ্রহণ করেছিলেন । বৃদ্ধ বয়সে পুত্র লক্ষণ সেনের হাতে রাজ্যভার অর্পণ করে স্ত্রীকে সঙ্গে নিয়ে তিনি ত্রিবেণীর নিকট গঙ্গাতীরে বানপ্রস্থ অবলম্বন করে শেষ জীবন অতিবাহিত করেন ।

বল্লাল সেন অত্যন্ত সুপণ্ডিত ছিলেন। বিদ্যা ও বিদ্বানের প্রতি তাঁর যথেষ্ট অনুরাগ ছিল। তিনি বেদ, স্মৃতি, পুরাণ প্রভৃতি শাস্ত্র অধ্যয়ন করেছিলেন। তাঁর একটি বিরাট গ্রন্থাগার ছিল । কবি বা লেখক হিসেবে সংস্কৃত সাহিত্যে তাঁর দান অপরিসীম । তাঁর পূর্বে বাংলার কোনো প্রাচীন রাজা এরূপ লেখনী প্রতিভার পরিচয় দিতে পারেননি । তিনি 'দানসাগর' ও 'অদ্ভুতসাগর' নামে দুটি গ্রন্থ রচনা করেন । অবশ্য ‘অদ্ভুতসাগর’ গ্রন্থের অসমাপ্ত অংশ তাঁর পুত্র লক্ষণ সেন সম্পূর্ণ করেছিলেন। গ্রন্থদ্বয় তাঁর আমলের ইতিহাসের অতীব মূল্যবান উপকরণ । তিনি রামপালে নতুন রাজধানী স্থাপন করেছিলেন। বল্লাল সেন তন্ত্র হিন্দুধর্মের পৃষ্ঠপোষক ছিলেন। ফলে তাঁর রাজত্বকালে ব্রাহ্মণ্য ধর্মের প্রতিপত্তি বৃদ্ধি পায় এবং বৌদ্ধ ধর্ম দুর্বল হয়ে পড়ে । অনেকে মনে করেন তিনি হিন্দু সমাজকে নতুন করে গঠন করার উদ্দেশ্যে 'কৌলীন্য প্রথা' প্রবর্তন করেছিলেন। এর ফলে সামাজিক আচার-ব্যবহার, বিবাহ অনুষ্ঠান প্রভৃতি বিষয়ে কুলীন শ্রেণির লোকদিগকে কতকগুলো বিশেষ রীতিনীতি মেনে চলতে হতো। 

বল্লাল সেনের পর তাঁর পুত্র লক্ষণ সেন (১১৭৮-১২০৪ খ্রিষ্টাব্দ) প্রায় ৬০ বছর বয়সে সিংহাসনে আরোহণ করেন । পিতা ও পিতামহের ন্যায় লক্ষণ সেনও সুদক্ষ যোদ্ধা ছিলেন এবং রণক্ষেত্রে নৈপুণ্যের পরিচয় দেন । তিনি প্রাগ-জ্যোতিষ, গৌড়, কলিঙ্গ, কাশী, মগধ প্রভৃতি অঞ্চল সেন সাম্রাজ্যভুক্ত করেন। কিন্তু তাঁর শেষ জীবন খুব সুখের ছিল না। দীর্ঘদিন ধরে যুদ্ধবিগ্রহ পরিচালনা ও বার্ধক্যজনিত দুর্বলতা ও অন্যান্য কারণে তিনি শেষ পর্যন্ত শাসনের প্রতি অমনোযোগী হয়ে পড়েন এবং পিতার ন্যায় গঙ্গাতীরে দ্বিতীয় রাজধানী নবদ্বীপে বসবাস শুরু করেন। ফলে গৌড় ভয়াবহ ষড়যন্ত্র ও অন্তর্বিরোধের লীলাক্ষেত্রে পরিণত হয় এবং অভ্যন্তরীণ গোলযোগের সৃষ্টি হয়। এ সুযোগে ১১৯৬ খ্রিষ্টাব্দে বর্তমান সুন্দরবন অঞ্চলে ডোম্মন পাল বিদ্রোহী হয়ে একটি স্বাধীন রাজ্য প্রতিষ্ঠা করেন ।

লক্ষণ সেন নিজে সুপণ্ডিত ও বিদ্যোৎসাহী ছিলেন। পিতার অসমাপ্ত গ্রন্থ 'অদ্ভুতসাগর' তিনিই সমাপ্ত করেছিলেন । লক্ষণ সেন রচিত কয়েকটি শ্লোকও পাওয়া গেছে । তাঁর রাজসভায় বহু পণ্ডিত ও জ্ঞানী ব্যক্তির সমাবেশ ঘটেছিল । লক্ষণ সেন পিতা ও পিতামহের শৈব ধর্মের প্রতি অনুরাগ ত্যাগ করে বৈষ্ণব ধর্ম গ্রহণ করেছিলেন বলে ধারণা করা হয় । পিতা ও পিতামহের ‘পরম মহেশ্বর' উপাধির পরিবর্তে তিনি ‘পরম বৈষ্ণব' উপাধি গ্রহণ করেন। তিনি শাস্ত্র ও ধর্ম চর্চায় পিতার উপযুক্ত পুত্র ছিলেন । ঐতিহাসিক মিনহাজ তাঁর দানশীলতা ও ঔদার্যের ভূয়সী প্রশংসা করেছেন ।

তেরো শতকের প্রথম দিকে মুসলমান সেনাপতি বতিয়ার খলজি নদীয়া আক্রমণ করেন। বৃদ্ধ লক্ষণ সেন কোনো প্রতিরোধ না করে নদীপথে পূর্ববঙ্গের রাজধানী বর্তমান মুন্সীগঞ্জ জেলার বিক্রমপুর আশ্রয় গ্রহণ করেন। উত্তর ও উত্তর-পশ্চিম বাংলা বখতিয়ার খলজি সহজেই অধিকার করে নেন । লক্ষণাবতীকে (গৌড়) কেন্দ্র করে বাংলায় মুসলিম সামাজ্য প্রতিষ্ঠিত হয় । দক্ষিণ-পূর্ব বাংলায় অবস্থান করে লক্ষণ সেন আরও ২/৩ বছর রাজত্ব করেন । খুব সম্ভব ১২০৬ খ্রিষ্টাব্দে (মতান্তরে ১২০৫ খ্রিষ্টাব্দে ) তিনি মৃত্যুমুখে পতিত হন। লক্ষণ সেনের মৃত্যুর পর তাঁর দুই পুত্র বিশ্বরূপ সেন ও কেশব সেন কিছুকাল (১২০৩ খ্রিষ্টাব্দ পর্যন্ত) পূর্ব বাংলা শাসন করেন। এভাবে লক্ষণ সেনের পরাজয়ের মধ্য দিয়ে বাংলায় সেন শাসনের অবসান ঘটে ।