সমসংস্থ ক্রোমোজোমের একই জিন লোকাসে অবস্থিত বিপরীত ধর্মী যুগ্ম জিন জোড়ায় একটিকে অপরটির বলা হয়-

কোষ বিভাজনে ক্রোমোজোমের ভূমিকা ( Role of chromosome in cell division): জীবের দেহ বা জননকোষ বিভাজনের আগে কতকগুলো প্রক্রিয়ার মধ্য দিয়ে যেতে হয়। যেমন-বিভাজনের প্রস্তুতি, বিভাজন শুরু, বিভাজন প্রক্রিয়া এবং বিভাজন শেষ করতে কোষের মধ্যে কতকগুলো সুনির্দিষ্ট সংকেতের প্রয়োজন হয়। মূলত কোষস্থ ক্রোমোজোমের মধ্যে অবস্থিত জিন বা DNA এ সমস্ত সংকেত বহন করে। এভাবে ক্রোমোজোমের মধ্যে অবস্থিত জিন বা DNA কোষের মধ্যে সুনির্দিষ্ট সংকেত প্রদানের মাধ্যমে কোষ বিভাজনের শুরু থেকে শেষ পর্যন্ত যাবতীয় কাজ সম্পাদনে সহায়তা করে থাকে। এছাড়াও ক্রোমোজোমের নিম্নলিখিত ভূমিকা পরিলক্ষিত হয়।

১. মাইটোসিস কোষ বিভাজনের মাধ্যমে একটি কোষ থেকে দুটি অপত্য কোষের সৃষ্টি হয় যাতে মাতৃকোষের সমান সংখ্যক ক্রোমোজোম থাকে। ক্রোমোজোমের কার্যকারিতা সঠিকভাবে সম্পন্ন না হলে মাইটোসিসের সমস্ত প্রক্রিয়াই বাঁধাগ্রস্ত হতো।

২. ক্রোমোজোমের সেন্ট্রোমিয়ার ছাড়া কোষ বিভাজন সঠিকভাবে সম্পন্ন হবে না । 

৩. কোষ বিভাজনের সময় ক্রোমোজোমে অবস্থিত জিনের মাধ্যমে বংশগত বৈশিষ্ট্য পিতামাতা থেকে পরবর্তী প্রজন্মে হয়।

৪. প্রোটিন সংশ্লেষণ-এর মাধ্যমে ক্রোমোজোম কোষের গঠন, কোষ বিভাজন ও নিয়ন্ত্রণে ভূমিকা পালন করে।

৫. কোষ বিভাজনে ক্রসিংওভার ও মিউটেশন প্রক্রিয়ায় অংশগ্রহণের মাধ্যমে বিবর্তনে সহায়তা করে ।

৬. কোষ গঠনের সময় এর বিভাজনে নির্দেশনা প্রদান করে।

৭. সেক্স ক্রোমোজোম লিঙ্গ নির্ধারণে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে । 

৮. কোষ বিভাজনের সময় সুস্থাপিত ক্রোমোজোম DNA কে সুনির্দিষ্টভাবে বিন্যস্ত করে।

৯. ভ্রূণীয় কোষ বিভাজনের সময় ক্রোমোজোমে কোষের বিভেদন (differentiation) সৃষ্টি করে যার ফলশ্রুতিতে দেহের বিভিন্ন অঙ্গ ও তন্ত্র সৃষ্টি হয়।

১০. স্যাট ক্রোমোজোম কোষ বিভাজনের সময় অপত্য কোষের নিউক্লিওলাস গঠন করে।