১৯৯৯ খ্রিস্টাব্দে ২১ ফেব্রুয়ারিকে আন্তর্জাতিক মাতৃভাষা দিবস হিসেবে ঘোষণা করা হলে বাংলাদেশ সরকার একটি আন্তর্জাতিক মাতৃভাষা চর্চা ও গবেষণা কেন্দ্র স্থাপনের সিদ্ধান্ত নেয়। এরপর ২০০০ খ্রিস্টাব্দের মাঝামাঝিতে ১৯,৪৯,০০,০০০ টাকার "আন্তর্জাতিক মাতৃভাষা ইনস্টিটিউট স্থাপন প্রকল্প" সরকার কর্তৃক অনুমোদিত হয়। ২০০১ খ্রিস্টাব্দের ১৫ মার্চ তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা, জাতিসংঘের মহাসচিব কফি আনানের উপস্থিতিতে ভিত্তিপ্রস্তর স্থাপন করেন। শুরুতে ১২ তলা ভবনের উল্লেখ থাকলেও প্রাথমিকভাবে ৫ তলা নির্মাণের পরিকল্পনা নেয়া হয়; তাতে একটি মিলনায়তন, চারটি সম্মেলন কক্ষ, কম্পিউটার ল্যাব, জাদুঘর, আর্কাইভ, ভাষা প্রশিক্ষণের জন্য ১০টি শ্রেণীকক্ষসহ প্রয়োজনীয় অফিসকক্ষের ব্যবস্থা রাখা হয়। এরপর সরকার বদলের পরে ভবনের নির্মাণ কাজ সাময়িকভাবে বন্ধ করে দেয়া হয়। ২০০৪ খ্রিস্টাব্দের শেষ দিকে সরকার প্রকল্প সংশোধন করে নির্মাণকাজ শেষ করার উদ্যোগ নেয়। সংশোধিত প্রকল্পের অধীনে ৩ তলা পর্যন্ত ভবন নির্মাণ শেষ হয় ২০১০ খ্রিস্টাব্দে। সেবছর ২১ ফেব্রুয়ারি প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা ভবনটির উদ্বোধন করেন। ভিত্তিপ্রস্থর স্থাপনের ৯ বছর পর ভবনটি উদ্বোধন করা হয়।