বাগদা চিংড়িতে সাধারণত চার ধরনের রোগ দেখা যায়-

ক) ভাইরাসজনিত রোগ: ভাইরাস এক প্রকার অতিক্ষুদ্র জৈবকণা বা অনুজীব যা জীবিত কোষের ভিতরে বংশ বৃদ্ধি করতে পারে। চিংড়ি চাষের সমস্যাগুলোর মধ্যে ভাইরাসজনিত রোগ অন্যতম। চিংড়ি চাষে ভাইরাসের আক্রমণে নানা জটিলতার সৃষ্টি হয় এবং আমাদের দেশে ভাইরাসের কারণে চিংড়ির ব্যাপক মহামারী দেখা যায়। চিংড়ির ক্ষেত্রে প্রধান ভাইরাসজনিত রোগ গুলো হলো- White Spot Syndrome Virus (WSSV), Yellow Head Virus (YHV), Baculovirus penaei (BP), Monodon baculovirus (MBV), Infectious Myonecrosis Virus (IMNV), Hepatopancreatic Parvovirus (HPV)

খ) ব্যাকটেরিয়াজনিত রোগ: আদিকোষী অনুজীবদের একটি বিরাট অধিজগৎ ব্যাকটেরিয়া নিয়ে গঠিত। ব্যাকটেরিয়া আণুবীক্ষণিক জীব যা খালি চোখে দেখা যায় না। চিংড়ির দেহে প্রচুর পরিমাণে ব্যাকটেরিয়া থাকে। উপযুক্ত পরিবেশ পেলে ব্যাকটেরিয়া চরম ক্ষতিকর রোগ হিসেবে দেখা যায়। রোগ সৃষ্টিকারী প্রধান ব্যাকটেরিয়ার প্রজাতিসমূহ হলো- Vibrio parahaemolyticus, V. harveyi, V. vulnificus, V. damsela, Aeromonas spp., Flavobacterium spp., alginalyticus প্রভৃতি। বাগদা চিংড়িতে ব্যাকটেরিয়া দ্বারা সৃষ্ট রোগগুলো হলো- Filamentous bacterial disease, Necrotising Hepatopancreatitis (NHP, Mycobacteriosis, Chitinolytic bacterial shell disease, Rickettsial infection প্রভৃতি।

গ) পরজীবীঘটিত রোগ: বিভিন্ন প্রকার এককোষী ও বহুকোষী পরজীবী আছে যারা চিংড়ির রোগ সৃষ্টি করে। এই পরজীবীগুলো চিংড়ির ত্বকের সাথে লেগে থেকে ত্বকে ক্ষত সৃষ্টি করে। ফুলকাতে আক্রমণ করে চিংড়ির ওজন কমিয়ে দেয় এবং অবশেষে মৃত্যু ঘটায়। Black / Brown gill disease হয়ে থাকে Zoothamnium, Epistylis, Vorticella প্রোটোজোয়ার জন্য। Gregarine disease হয়ে থাকে অ্যানিলিড পরজীবী Nematopsis spp. এর জন্য এবং Cotton shrimp এর জন্য দায়ী Agmasoma sp

ঘ) ছত্রাকজনিত রোগ: ছত্রাক প্রধানত চিংড়ির লার্ভা পর্যায়ে বেশি আক্রমণ করে। সাধারণত চিংড়ির ফুলকাতে আক্রমণ করে এবং শ্বাসকষ্ট সৃষ্টি করে। ফলে চিংড়ি মারা যায়। প্রধান সংক্রামক প্রজাতিগুলো গুলো- Lagenidium callinectes, L. marina, Sirolpidium spp. Pythium spp, Fusarium solani, Fusarium incarnatum প্রভৃতি।