পোনা মজুদের পর পুকুরের সার্বিক ব্যবস্থাপনা চিংড়ি উৎপাদনের পূর্বশর্ত। পোনা সজ্জুদ পরবর্তী সুষ্ঠু ব্যবস্থাপনা ছাড়া চিংড়ির কাংক্ষিত উৎপাদন সম্ভব নয়। পোনা মজুদের পর গুরুত্বপূর্ণ ব্যবস্থাপনা বিষয়গুলো হচ্ছে 

পোনা ছাড়ার ৬-৮ ঘন্টা পর পাড়ের কাছাকাছি পোনার চলাফেরা পর্যবেক্ষণ করতে হবে। দুর্বল পোনা পাড়ের কাছাকাছি এলোমেলোভাবে সাঁতার কাটতে দেখা যায়। তাছাড়া পোনা মারা গেছে কিনা তা দেখতে হবে। মৃত পোনা পুকুর পাড়ের খুব কাছাকাছি ভাসতে থাকে। মৃত পোনার পরিমাণ নির্ধারণ করে সেই পরিমাণ গোনা পুনরায় মজুদ করতে হবে।

পানির গুণাগুণ সঠিক মাত্রায় বজায় রাখা চিংড়ি চাষের সফলতার অন্যতম চাবিকাঠি। সাধারণত পানি ব্যবস্থাপনা তথা পানির গুণাগুণ বজায় রাখার প্রধান কারণ হচ্ছে চিংড়ির বেঁচে থাকার হার বাড়ানো এবং দৈহিক বৃদ্ধি। পুকুরের পানির ভালো অবস্থা বলতে সাধারণত পানিতে পরিমিত অক্সিজেন ও অতিরিক্ত বর্জ্যের (Metabolistic) পুঞ্জীভূত হওয়াকে বুঝায়। পানির গুণগতমান বজায় রাখার উত্তম পদ্ধতি হলো নিয়মিতভাবে পুকুরের পানি পরিবর্তন করা। এর ফলে পানির ভৌত রাসায়নিক গুণাগুণ বজায় থাকে, বিষাক্ত বর্জ্য পদার্থ, অতিরিক্ত শেওলা ইত্যাদি দূরীভূত হয় এবং নতুন পানির সাথে নতুন পুষ্টিকর পদার্থসমূহ পুকুরে সঞ্চালিত হয়।

চিংড়ি পোনা মজুদের পর এক সপ্তাহ কোন পানি পরিবর্তন করার প্রয়াজেন হয় না। তবে প্রথম মাসে অমাবস্যা, পূর্ণিমার সময় একবার বা দুইবার পানি পরিবর্তন করা ভাল। চিংড়ি চাষের পুরো সময়ে পোনা মজুদের ঘনত্ব, পানির গুণগতমান, লবণাক্ততা, প্লাংকটনের ঘনত্ব, দ্রবীভূত অক্সিজেন, পিএইচ, রোগের প্রাদুর্ভাব, খাদ্য প্রয়োগের পদ্ধতি ইত্যাদির ওপর ভিত্তি করে পানি পরিবর্তনের মোট পরিমাণ নির্ধারণ করে। সাধারণত প্রত্যেকবার পানি পরিবর্তন করা হয়। তৃতীয় ও চতুর্থ মাসে ৩-৫ দিন অন্তর পানি পরিবর্তন করা ভাল। অনেক সময় প্রয়োজন অনুসারে প্রতিদিন ১০% পানি পরিবর্তন করা হয়। নিবিড় চাষ পদ্ধতিতে প্রতিদিনই ৩০% পানি Flow through পদ্ধতিতে পরিবর্তন করা হয়।

প্রচলিত চাষ পদ্ধতিতে ভাটার সময় প্রয়োজনে পুকুরের অর্ধেক পানি বের করে দিয়ে জোয়ারের সময় পানি ঢুকানো হয়। সাধারণত জোয়ার ভাটার ওপর নির্ভর করে মাত্র ৫-৬ দিনে ৫০-১০০% পানি পরিবর্তন করা সম্ভব। আধা নিবিড় বা নিবিড় চাষ পদ্ধতিতে পানি পরিবর্তনের জন্য বিভিন্ন রকমের পাম্প ব্যবহার করা হয়। এবং জোয়ারের পানির ওপর কম নির্ভর করা হয়। আধানিবিড় চাষ পদ্ধতিতে জোয়ারের সময় স্বাভাবিকভাবে পানি পরিবর্তন করা হয়, তবে ভাটার সময় প্রয়োজনে পাম্প ব্যবহার করা হয়। এক্ষেত্রে পানি দুইভাবে পরিবর্তন করা যায়। প্রথম পদ্ধতিতে প্রয়োজন মতো কিছুটা পানি বের করে দেয়া হয় এবং পরে সেই পরিমাণ পানি ঢুকানো হয়। দ্বিতীয় পদ্ধতিতে একদিক দিয়ে পানি প্রবেশ এবং অপর দিক দিয়ে পানি নিষ্কাশন করা হয়। এভাবে পানি পরিবর্তন করার পদ্ধতিকে Flow through system বলা হয়।

অধিক বৃষ্টিপাতের সময় পানি পরিবর্তন না করে পানি নিষ্কাশন গেটের মুখে ঘনজাল স্থাপন করে পুকুরের উপরের স্তরের পানি বের করে দেয়া উত্তম। এতে লবণাক্ততা হ্রাসের ঝুঁকি কমে যায়।

পানির গুণাগুণ রক্ষার জন্য প্রধানত তাপমাত্রা, দ্রবীভূত অক্সিজেন, পানির লবণাক্ততা, অ্যামোনিয়া, নাইট্রাইট, নাইট্রেট, খরতা ও ক্ষারত্ব, পিএইচ, হাইড্রোজেন সালফাইড প্রভৃতির ওপর বিশেষ নজর রাখা হয়। গলদা চাষের পুকুরের পানির সহনীয় গুণাবলীগুলো নিম্নরূপ:

সম্প্রসারিত পদ্ধতির চাষাবাদে সার প্রয়োগের মাধ্যমে প্রাকৃতিক খাদ্যের যোগান দেয়া হয়। পুকুরে সার প্রয়োগের ফলে বিভিন্ন ধরনের প্রাকৃতিক খাদ্য ফাইটোপ্লাংকটন উৎপাদিত হয়। সেকি ডিস্কের দৃশ্যমানতা ৩০-৩৫ সেমি এর বেশি হলেই সার প্রয়োগ করা উচিত। পুকুরের পানিতে সেকি ডিস্কের দৃশ্যমানতার ভিত্তিতে সার প্রয়োগের মাত্রা নির্ধারণ করা হয়। সাধারণত সম্প্রসারিত পদ্ধতির চাষাবাদে শতাংশ প্রতি ৮০-১০০ গ্রাম ইউরিয়া এবং ২০-৩০ গ্রাম টিএসপি প্রয়োগ করা হয়ে থাকে। এই মাত্রায় সার প্রয়োগের ৫-৬ দিনের মধ্যে সেকি ডিস্কের দৃশ্যমানতা না কমলে উপরাক্তে মাত্রার অর্ধেক পরিমাণ সার আবার প্রয়োগ করতে হবে। সাধারণত এই পদ্ধতিতে চাষের ক্ষেত্রে প্রতি ২ সপ্তাহ অন্তর অন্তর অর্থাৎ প্রতি পূর্ণিমা ও অমাবস্যার সময় পানি পরিবর্তনের পর সার প্রয়োগ করা হয়ে থাকে। আধানিবিড় ও নিবিড় পদ্ধতির চাষে প্রথম ২ মাস প্রতিবার পানি পরিবর্তনের পর অল্প মাত্রায় ইউরিয়া ও টিএসপি সার প্রয়োগ করা ভাল।

চিংড়ির জীবনধারণ, দৈহিক বৃদ্ধি ও সুস্থতার জন্য খাদ্যের বিশেষ প্রয়োজন। উন্নত ব্যাপক পদ্ধতির চাষাবাদে উৎপাদন বৃদ্ধির জন্য কিছু সম্পূরক খাদ্য ব্যবহার করা হয়ে থাকে। আধানিবিড় ও নিবিড় পদ্ধতির চাষাবাদ মূলত সম্পূরক খাদ্য বা পিলেটের উপর নির্ভরশীল। চিংড়ি খামারে অত্যন্ত সতর্কতার সাথে খাদ্য প্রয়োগ করতে হবে। কারণ অতিরিক্ত মাত্রায় খাদ্য প্রয়াগে করলে অব্যবহৃত খাদ্য পচে পানি দূষিত করে ফেলে। এতে পানিতে অক্সিজেনের ঘাটতি দেখা দেয় এবং হাইড্রোজেন সালফাইড গ্যাসের পরিমাণ বেড়ে যায়। চিংড়ির গড় ওজন ও তাপমাত্রার উপর চিংড়ির খাদ্যের পরিমাণ নির্ভর করে। চিংড়ির ওজন বৃদ্ধির সাথে সাথে খাদ্যের হার কমানো উচিত। চিংড়ির গড় ওজনের ভিত্তিতে খাদ্য প্রয়োগের হার নিচে দেয়া হলো:

খাদ্য দাণির মাধ্যমে পুকুরে খাদ্য প্রয়োগ করলে খাদ্য গ্রহণ সম্পর্কে নিশ্চিত হওয়া যায় এবং সঠিকভাবে খাদ্যের মাত্রা নির্ণয় করা যায়। গলদা চিংড়ি দিন-রাত সব সময় খাদ্য খেয়ে থাকে তবে সন্ধ্যা ও রাতে চিংড়ি সবচেয়ে বেশি খাদ্য গ্রহণ করে থাকে। সূর্যালোকের প্রখরতা বাড়ার সাথে সাথে চিংড়ির খাদ্য গ্রহণের প্রবণতা আপেক্ষিকভাবে কমে যায়।

চিংড়ির স্বাস্থ্য, বৃদ্ধি, খাদ্য গ্রহণ ইত্যাদি পরীক্ষার জন্য নিয়মিতভাবে নমুনা সংগ্রহ করা দরকার। সাধারণত খেপলা জালের সাহায্যে এই নমুনা সংগ্রহ করা হয়। নমুনা সংগ্রহের পর চিংড়ির স্বাস্থ্য ভালোভাবে পরীক্ষা করে দেখার দরকার যে চিংড়ি রোগাক্রান্ত হয়েছে কিনা। যদি রোগাক্রান্ত হয় তবে জরুরি ভিত্তিতে নিরাময়ের ব্যবস্থা গ্রহণ করতে হবে। নমুনা সংগ্রহের সবচেয়ে বড় প্রয়োজন হচ্ছে চিংড়ির সংখ্যা ও গড় ওজন হিসাব করে বের করা। কারণ চিংড়ির গড় ওজনের ভিত্তিতেই খামারে খাদ্য প্রয়াগ করা হয়।

সাধারণত অস্বাস্থ্যকর জলীয় পরিবেশ, মজুদ ঘনত্ব বেশি, খাদ্যাভাব ইত্যাদি কারণে চিংড়ির শরীরে নানা রকম রোগের প্রাদুর্ভাব পরিলক্ষিত হয়। এজন্য চিংড়ির স্বাস্থ্য রক্ষায় পানির ভৌত রাসায়নিক গুণাগুণ নিয়ন্ত্রণে রাখার বিষয়ে সতর্ক দৃষ্টি রাখা দরকার। চিংড়ির ঘনত্ব বেশি হলে খাদ্যাভাবও প্রকট হয়। তাছাড়া অধিক ঘনত্বের কারণে জলীয় পরিবেশও দূষিত হয়ে পড়ে। চিংড়ির স্বাস্থ্য ব্যবস্থাপনার গুরুত্বপূর্ণ দিকগুলো হলো- পানি ব্যবস্থাপনার উন্নয়ন, নির্ধারিত মজুদ ঘনত্ব বজায় রাখা, অনাকাঙ্খিত প্রাণির অনুপ্রবেশ রোধ, খামারে ব্যবহৃত সকল যন্ত্রপাতি ও আহরণ সরঞ্জাম জীবাণুমুক্ত রাখা। স্বাস্থ্য ব্যবস্থাপনার অংশ হিসেবে পুকুরে রাসায়নিক দ্রব্যের ব্যবহার না করাই উত্তম। তবে একান্তভাবেই যদি রাসায়নিক দ্রব্যের ব্যবহার করতে হয়, সেক্ষেত্রে এর ব্যবহারের মাত্রা সহনশীল পর্যায়ে রাখতে হবে।

সঠিকভাবে পানি ব্যবস্থাপনা চিংড়ি উৎপাদনের জন্য অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ। তাই পানি সরবরাহ ও নির্গমন ব্যবস্থা যাতে ঠিকমত থাকে সেজন্য পানি সরবরাহ ও নিষ্কাশন গেট নিয়মিতভাবে পরীক্ষা করতে হবে। গেটের পার্শ্বে বা তলা দিয়ে পানি চলাচল করলে তা সাথে সাথে বন্ধ করতে হবে। অবাঞ্ছিত প্রাণী নিয়ন্ত্রণে স্থাপিত নেট নিয়মিত পরীক্ষা করতে হবে এবং গেটের মুখে স্থাপিত পাটা ঠিকমত আছে কিনা তা নিয়মিতভাবে পরীক্ষা করতে হবে। বাঁধে কোন প্রকার ত্রুটি থাকলে তা সঙ্গে সঙ্গে মেরামত করতে হবে। খামারের অবকাঠামোসমূহ সুষ্ঠুভাবে রক্ষণাবেক্ষণ করলে ক্ষয়ক্ষতির সম্ভাবনা কম থাকে।