একটি প্রোগ্রামের পুরোটির গঠন, বিশেষ করে তার ভেতরকার ছোট ছোট অংশগুলোর গঠন এবং একটির সঙ্গে অন্যটির পারস্পরিক সম্পর্ককে প্রোগ্রামের সংগঠন বা স্ট্রাকচার বলে। মাঝে মাঝেই কোনো কোনো প্রোগ্রামের সংগঠনকে ভালো এবং কোনো কোনো প্রোগ্রামের সংগঠনকে দুর্বল বলা হয়। ভালো সংগঠনের প্রোগ্রাম কিছু প্রচলিত নিয়ম মেনে চলে এবং ভিন্ন ভিন্ন অংশের ভেতরকার সম্পর্কগুলো হয় সহজ, এবং সেগুলো অনেক স্পষ্টভাবে উল্লেখ করা থাকে। সেখানে সঠিক ডেটা স্ট্রাকচার ব্যবহার করা হয় এবং প্রোগ্রামের গতি প্রবাহ (Flow Control) হয় সুনির্দিষ্ট। দুর্বল সংগঠনের প্রোগ্রামে প্রচলিত নিয়মকে উপেক্ষা করা হয় এবং বিভিন্ন অংশের ভেতরকার সম্পর্ক হয় অনিয়মিত এবং অস্পষ্ট। শুধু তাই নয় সেখানে সঠিক ডেটা স্ট্রাকচারকে গুরুত্ব দেওয়া হয় না এবং প্রোগ্রামের গতি প্রবাহ হয় এলোমেলো।