ক) গভীরতাজনিত সমস্যা: চিংড়ি চাষে নার্সারিতে পানির গভীরতা ০.৬-০.৭ মিটার এবং পালন ঘেরে ১.০- ১.৫ মি. হওয়া উচিত।

খ) পানির উপর সবুজ ফাইটোপ্লাংকটন স্তর বেশি জৈব সার প্রয়োগে পানিতে ফাইটোপ্লাংকটন অনেক বেশি জন্মায়। ফলে পুকুরের পানির উপর সবুজ মোটা কাথার মতো স্তর দেখা যায়। সবুজ স্তর দূর করার জন্য প্রতি শতকে ১৫ গ্রাম (৩-৫ ফুট গভীরতা) তুঁতে প্রয়োগ করতে হবে।

গ) ইউগ্লেনাজনিত স্তর: ইউগ্লেনা নামক বহুকোষী প্রাণিতে ক্লোরোফিল নামক উপাদান থাকায় সূর্যের আলোর উপস্থিতিতে লালচে বাদামী বর্ণ ধারণ করে। ইউগ্লেনা স্তরের উপর প্রতি কেজিতে ২০০ মিলি হারে পাথুরে চুন পানির সাথে মিশিয়ে ছিটিয়ে দিতে হবে।

ঘ) আয়রনজনিত স্তর: পানিতে আয়রনের পরিমাণ বেশি থাকার কারণে আয়রনজনিত স্তর তৈরি হয়ে থাকে। এটি সবসময় লালচে বাদামী বর্ণের হয়ে থাকে। আয়রনজনিত স্তর দূর করার জন্য পুকুরে প্রতি শতকে ২০০ গ্রাম চুন এবং ৫০-১০০ গ্রাম হারে ফিটকিরি ব্যবহার করা যেতে পারে।

ঙ) আগাছা নিয়ন্ত্রণ: যে কোনো ধরনের জলজ আগাছা আধা নিবিড় চিংড়ি চাষে একটি বিশেষ সমস্যা। তাই দৈনিক পর্যবেক্ষণের মাধ্যমে কায়িক শ্রম দ্বারা আগাছা পরিষ্কার করতে হবে।

চ) পানিতে শামুক ঝিনুকের প্রকোপ/উপদ্রব বেশি পরিমাণ শামুক ঝিনুকের উপস্থিতি লক্ষ্য করলে শক্ত ডালপালা বা তালপাতা পুকুরের পানিতে পুতে দেওয়া যেতে পারে। এসব ডালে শামুক আশ্রয় নিলে পাড়ে ভুলে মেরে ফেলতে হবে। এছাড়া শামুক নিয়ন্ত্রণের জন্য পুকুরে ব্লাক কার্প মাছ ছাড়া যেতে পারে,কারণ এরা খাবার হিসেবে শামুক গ্রহণ করে থাকে।

ছ) অবাঞ্ছিত মাছসহ রাক্ষুসে মাছ দূরীকরণ: পুকুরে বার বার জাল টেনে যত দূর সম্ভব সকল অবাঞ্ছিত মাছ ধরে ফেলতে হবে। এরপর অবশিষ্ট সব মাছ ধরে ফেলার জন্য প্রতি শতক আয়তন ও প্রতি ফুট পানির গড় গভীরতার জন্য ২৫-৩০ গ্রাম হারে রোটেনন প্রয়োগ করতে হবে।

জ) কাঁকড়ার উপদ্রব: যদি ঘেরের পানিতে কাঁকড়ার উপদ্রব হয় তাহলে ক্যালসিয়াম কার্বাইড ট্যাবলেট ব্যবহার করা যেতে পারে।